DESCARTES: la philosophie est comme un arbre...

Puis, (...) il doit commencer tout de bon à s'appliquer à la vraie philosophie, dont la première partie est la métaphysique qui contient les principes de la connaissance entre lesquels est l'explication des principaux attributs de Dieu, de l'immatérialité de nos âmes et de toutes les notions claires et simples qui sont en nous. La seconde est la physique, en laquelle, après avoir trouvé les vrais principes des choses matérielles, on examine en général comment l'univers est composé (...). En suite de quoi il est besoin aussi d'examiner en particulier la nature des plantes, celle des animaux, et surtout celle de l'homme (...). Ainsi toute la philosophie est comme un arbre dont les racines sont la métaphysique, le tronc est la physique et les branches qui sortent de ce tronc sont toutes les autres sciences (...).DESCARTES

Dans sa Lettre-Préface aux Principes de la philosophie, Descartes annonce son projet de refondation de la philosophie. Bien que cette lettre soit directement adressée au duc de Luynes, Descartes l’utilise en même temps pour présenter son ouvrage. Cette présentation a pour but de définir la philosophie comme une construction structurée et répartie en divers domaines. Il ne faut donc pas entendre par philosophie ce que nous y mettons aujourd’hui. Elle représente pour Descartes la volonté de mettre en ordre nos pensées de telle sorte que nous distinguions par l’intermédiaire de la raison ce qui est vrai de ce qui est faux, et ceci dans tous les domaines possible. Seulement, pour que la philosophie soit ordonnée, il faut bien qu’elle se rapporte à la façon dont les choses qu’elle étudie sont ordonnées. Or, depuis la disparition de la notion de « cosmos «, le seul ordre valable se trouve dans le cheminement de notre pensée. Dès lors, pour Descartes, l’ordre à suivre sera d’aller du plus simple au plus complexe. Pourquoi dès lors la métaphysique serait-elle présentée comme plus simple que le reste et en quoi les autres sciences en dépendent-elles ? En effet, les Règles pour la direction de l’esprit nous donnent la méthode précise à suivre : « Il vaut beaucoup mieux ne jamais songer à chercher la vérité que de la faire sans méthode. « disaient-elles. Ici, il s’agit de passer méthodiquement d’un domaine de savoir à un autre. Ces domaines seront donc ordonnés du plus essentiel et certain jusqu’aux différentes sciences qui, elles, sont plus complexes et nécessitent davantage de recherches.  Nous suivrons donc la progression qui permet de passer d’un domaine à l’autre de telle sorte que nous ne commettions d’erreurs dans aucuns de ces domaines.