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Questions-réponses ED n° et 2 de biologie cellulai re PACES - 2010/2011 1 Introduction et Matrice extracellulaire - Dans quelles situations utiliser l'une ou l'autre des différentes techniques d'isolement des cellules (centrifugation, différence d'adhérence, FACS.

Publié le 26/02/2014

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Questions-réponses ED n° et 2 de biologie cellulai re PACES - 2010/2011 1 Introduction et Matrice extracellulaire - Dans quelles situations utiliser l'une ou l'autre des différentes techniques d'isolement des cellules (centrifugation, différence d'adhérence, FACS...) Le choix de l'utilisation de ces techniques repose sur les propriétés générales ou particulières des cellules à isoler et sur le principe de la technique concernée. La centrifugation permet de séparer les cellules en fonction de leur densité. Cette technique s'applique bien aux cellules sanguines, qui sont par ailleurs faciles à manipuler en suspension (les cellules n'adhèrent normalement pas les unes aux autres) La différence d'adhérence permet de séparer des cellules qui présentent des propriétés d'adhérence particulières : certaines cellules sanguines (monocytes-macrophages) ou épithéliales (cellules souches épidermiques qui adhérent plus que le reste des kératinocytes du fait d'une expression plus forte de certaines molécules d'adhérence) ; Le tri par FACS utilise un marquage fluorescent qui peut être spécifique d'un type cellulaire particulier. C'est le cas de l'utilisation d'anticorps spécifiques de certaines protéines de membrane plasmique, dont l'expression est spécifique d'un type cellulaire particulier, ou d'un état de différenciation particulier au sein d'un type cellulaire donné. Grâce à ces marqueurs, le FACS permet une purification aisée de populations et sous-populations cellulaires pour lesquels on dispose des marqueurs appropriés. - Le SVF est-il toujours utilisé en culture cellulaire ? Dans quel(s) cas ne l'est-il pas ? Le SVF est très largement utilisé en culture cellulaire, comme source commode de facteurs de croissance indispensables à la pousse des cellules. Il ne peut pas l'être si l'objet du travail expérimental sur les cellules est d'explorer le mécanisme d'action des facteurs de croissance, car on ne connaît pas la composition précise du SVF en ces facteurs. Il faut alors utiliser un milieu défini, ne comportant pas de SVF, mais contenant le ou les facteurs de croissance à étudier en concentrations connues. -Concernant le FACS : où est la cathode? l'anode? Question sans objet - Que signifie «les cellules atteignent la confluence«? Ce terme s'applique aux cultures de cellules adhérentes. Ces cellules sont mise en culture dans dans des boites. Elles adhèrent au fond de la boite (sur une matrice placée au fonds de la boite, ou que les cellules sécrètent). Elles se multiplient et deviennent jointives. Au bout d'un certain temps de culture, les cellules couvrent toute la surface de la boite. La culture est alors à confluence. Du fait de l'inhibition de contact entre les cellules la prolifération cellulaire s'arrête. - La lame basale fait-elle partie de la matrice extracellulaire? Oui - Concernant le tropocollagène, est-ce que tous les radicaux R de la séquence répétitive GLYPRO-X s'orientent vers l'intérieur de la triple hélice ou seule la GLY est concernée? Seule la glycine est concernée - Est-ce que les liaisons diallysine, aldimine et aldol sont toutes considérées comme des liaisons inter-chaines? La liaison diallysine concerne les liaisons interchaines de la molécule de tropocollagène, tandis que les deux autres unissent entre elles les molécules de tropocollagène pour former le collagène - Est-ce que la liaison diallysine est une liaison permettant de lier les chaines alpha du tropocollagène entre elles. Est-ce que les liaisons aldimine/aldol sont impliquées dans la liaison de plusieurs chaînes de tropocollagène entre elles pour former le collagène? Voir réponse précédente - Quelle différence entre liaisons de type aldimine et aldol? La liaison aldimine implique un atome d'azote (produit de la condensation d'une deltahydroxylysine avec un epsilon-lysylal), alors que la liaison aldol est le produit de la condensation d'un epsilon-lysylal et d'un delta hydroxy epsilon lysylal - Comment les leucocytes interagissent avec les sélectines ? Les sélectines exprimées à la surface des cellules endothéliales sont impliquées dans le rolling et l'immobilisation des leucocytes circulants, via la reconnaissance de motifs glucidiques présents à la surface de ces leucocytes. L'interaction avec les sélectines est précoce et transitoire Le franchissement de l'endothélium (diapéd&egrav...
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« La liaison aldimine implique un atome d’azote (produit de la condensation d’une deltahydroxylysine avec un epsilon-lysylal), alors que la liaison aldo l est le produit de la condensation d’un epsilon-ly sylal et d’un delta hydroxy epsilon lysylal - Comment les leucocytes interagissent avec les sél ectines ? Les sélectines exprimées à la surface des cellules endothéliales sont impliquées dans le rolling et l’immobilisation des leucocytes circulants, via la reconnaissance de motifs glucidiques présents à la surface de ces leucocytes.

L’interaction avec les s électines est précoce et transitoire Le franchissement de l’endothélium (diapédèse) cons titue l’étape suivante impliquant d’autres acteurs moléculaires.

Architecture membranaire - Quelles sont les conséquences sur la fluidité mem branaire de la présence de doubles liaison au niveau des chaines carbonées des acides gras ? De façon très simpliste, les acides gras insaturés (à double liaison) "prennent plus de place" car leur squelette carbonné est moins linéaire.

Les phosphol ipides à acides gras insaturés peuvent donc moins bien "se ranger" dans une bicouche lipidique, donc c'est plus fluide.

Au contraire, quand les acides gras sont saturés, ils peuvent bien se range r, les phospholipides sont bien "tassés" et les bicouches lipidiques sont donc plus rigides.

- Les microsomes existent-ils physiologiquement dan s le corps humain ou sont-ils seulement obtenus après homogénéisation cellulaire et ultrace ntrifugation ? Les microsomes ne sont pas des organites cellulaire s.

Ils sont obtenus après homogénéisation des cellules et sont formés de membranes venant essenti ellement de la membrane plasmique, du RE et du Golgi.

- Y-a-t-il encore du milieu intracellulaire et extr acellulaire lorsque les microsomes se reforment après lyse hypotonique ? Non, au moment de la lyse cellulaire le cytoplasme se déverse dans la solution contenant les cellules.

Quand les microsomes se referment, ils contiennent donc une solution résultant du mélange du cytosol et du milieu extracellulaire.

- Puisque les microsomes ne contiennent plus de cyt osol, est-ce que des ponts disulfures peuvent se former du côté du feuillet P ? Peut-être, à condition que le feuillet P soit en co ntact d’un milieu « non réducteur »....

En tout cas les ponts disulfure qui se sont formés au niveau du RE du côté du feuillet E restent ! Les ponts disulfure sont maintenus tels qu'ils étai ent initialement dans la cellule vivante intacte.

Concernant leur formation dans la cellule intacte, ce point sera étudié au second semestre.

Les ponts disulfure s’établissent dans le lumen du RE au fur et à mesure de la translocation de la protéine depuis le cytoplasme (lieu de la synthèse protéique ) et donc ils sont établis un peu "n'importe où".

Une fois que ces ponts sont faits il est difficile de l es rompre, il faut mettre des réducteurs puissants.

Cependant, dans le lumen du RE il y a une enzyme, l a protéine disulfure isomérase (PDI) qui est capable de remodeler les ponts disulfure pour les r ompre et les reformer entre des cystéines donnant une conformation dans l'espace correcte de la proté ine.

Quand les protéines trafiquent ensuite jusqu'à la membrane plasmique par transport vésiculaire, le s ponts disulfure ne sont plus modifiés.

C’est donc pour cela que dans la membrane plasmique les ponts disulfure des protéines se trouvent du côté du milieu extracellulaire.

- Pourquoi le domaine transmembranaire d’une protéi ne membranaire intégrale est souvent sous forme d’hélice alpha ? C'est parce que c'est la structure protéique second aire la plus énergétiquement favorable.

Les acides aminés sont pour beaucoup d'entre eux à chaînes lat érales non polaires qui sont vers l'extérieur de l'hélice et qui protègent l'axe de l'hélice de l'en vironnement lipidique hydrophobe de la membrane.

- Pourquoi n'extrait-on pas les protéines périphéri ques avec le SDS ? On extrait aussi les protéines périphériques si on met du SDS sur des membranes biologiques.

L'énoncé de l’ED n°1 aurait du être formulé de la f açon suivante : "On travaille sur 3 protéines qu'on peut extraire de membranes biologiques avec du SDS.

Ces protéines ne sont pas extraites quand on applique une solution de force ionique élevée.". »

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