S'il est un domaine philosophique qui a été particulièrement touché par la naissance de la science moderne, c'est bien la métaphysique. La métaphysique antique était très couramment une physique : Aristote écrit une physique, de même que les stoïciens ou Epicure. Si les mathématiques acquièrent dès le IVe siècle leur indépendance d'avec la philosophie, la connaissance de la nature est véritablement le propre de la philosophie. On a également vu les rapports que, chez Platon, le monde sensible entretenait avec les essences des choses. Dans le monde médiéval, la présence du Dieu chrétien n'a pas fondamentalement modifié ces données de l'Antiquité.
Dans la métaphysique antique, la physique joue un rôle fondamental puisqu'elle permet de construire des systèmes complets qui organisent ta connaissance de l'univers, des essences des choses et de Dieu. Si nous n'avons pas étudié ces multiples physiques, dont l'élaboration commence dès les Présocratiques, c'est que si elles ont eu — et en particulier la physique d'Aristote — une très grande importance historique, elles sont, du point de vue d'un homme du XXle siècle, totalement dépourvues d'intérêt puisqu'elles ne s'appuient ni sur une connaissance mathématiquement organisée ni sur une expérimentation sérieuse. C'est pourquoi elles appartiennent au domaine de la métaphysique : l'objectif ultime dans lequel elles sont élaborées leur est tout à fait extérieur.
On comprend ce que le développement de la science moderne a renversé : la physique, transformée en un domaine à part entière pourvu d'un arsenal méthodologique exclusivement mathématique et qui ne cherchait sa vérification que dans l'expérience, devenait tout à fait indépendante. Il faut cependant constater que cette autonomisation de la science n'a jamais été te but recherché par ces premiers scientifiques modernes que sont Galilée, Kepler ou Newton. Au contraire, Kepler est effrayé par ses propres découvertes et Newton élabore encore une métaphysique dans laquelle il replace sa physique, même si tes liens sont, on peut s'en douter, extrêmement lâches. Un scientifique comme Pascal, à ta fois physicien et mathématicien, à qui l'on doit la première théorie des probabilités, élabore de même une oeuvre double, scientifique d'une part et religieuse d'autre part, qui suppose que si le monde physique semble déserté par Dieu c'est parce que celui-ci y est caché. C'est le sens, dans les Pensées, son oeuvre philosophique et religieuse, de ta célèbre phrase « Le silence éternel de ces espaces infinis m'effraye «, qui souligne la terreur religieuse qui dut saisir les hommes du XVIIe siècle devant les conséquences mêmes de leurs découvertes.
